前言

《R Markdown 权威指南》是第一本系统介绍 R Markdown 技术的中文图书。

0.1 为什么要写这样一本书？

R Markdown 是一个生产力工具。她基于流行的 R 语言，通过 knitr，rmarkdown， bookdown，tinytex 等一系列 R 软件包实现其功能。自 2012 年初 knitr 发布 以来，R Markdown 技术不断发展和丰富，已经成为当前制作动态文档、演示文稿、PDF 文档、建设网站，以及著书的主流工具之一。

基于 R Markdown 技术实现的动态文档，可以自行将文档内包含的代码编译执行，并将运行的结果（如绘图、控制台输出、LaTeX 数学公式、图片、源代码等）动态整合到最终文档中，最大程度上实现了技术文档的自动化。

与另一个流行的功能密切相关的生产力工具 Jupyter Notebook 相比，R Markdown 是 R 语言用户的第一选项。且R Markdown 在 RStudio 中具有原生支持，这大大降低了 学习的难度，提高了日常使用 R Markdown 的效率。另外，虽然R Markdown 基于 R 语言实现，但是她也支持在文档中使用 Python、Bash 等其它编程语言。

由于 R Markdown 具有上述种种优势，使其成为一种一旦掌握就能受益终身的通用技能。在学校，适合写作业，在职场，适合做工作汇报，在学术届，适合开展可重复研究等等。

现在网络上关于 R Markdown 的教程很多，但是对于一本图书而言，其系统、全面的优势是不可替代的。因此，在外文图书市场上有多部 R Markdown 技术书籍。其中，仅 Chapman & Hall 出版社（https://www.crcpress.com/） 已经先后出版了”bookdown: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown“、”R Markdown Cookbook“，”blogdown: Creating Websites with R Markdown“、”R Markdown: The Definitive Guide“等多部以 R Markdown 技术为主要介绍对象的书籍。除此之外， 基于 R Markdown 进行技术类图书写作也成为日益流行的创作样式，包括本书以及上述书籍在内都是依托 R Markdown 技术创建的。R 语言的经典教材和书籍（如”R for Data Science”等）也都是如此（https://www.bookdown.org/）。然而，在中文图书市场上，尚没有任何一部系统介绍 R Markdown 的图书。

于是，我们就决定写了这本书。

0.2 本书是怎么写出来的？

本书是在谢益辉（@yihui）组织下，由高春辉、王祎帆、闫求识、庄亮亮、杨晓龙等共同创作完成的。书籍的创作主要参考了谢益辉所著的《R Markdown Cookbook》 和《R Markdown: The Definitive Guide》等资料。但是书籍创作过程并非严格的编译，而是结合了作者在这一领域的经验和认识。

作者的基本信息如下：

  • 高春辉：博士，华中农业大学资源与环境学院副研究员；
  • 王祎帆：中国人民大学统计学院博士生，统计之都成员， 《R Graphics Cookbook》 的译者；
  • 闫求识：范德堡大学数据科学研究生；
  • 庄亮亮：浙江工商大学理学统计博士生，微信公众号”庄闪闪的 R 语言手册”主编，统计之都成员；
  • 杨晓龙：东京大学政治科学的本科三年级。

0.3 本书的创作理念是什么？

本书的目的是让更多人受益于 R Markdown 技术。在写作的过程中，我们尽可能系统、全面地介绍 R Markdown 技术，并将最佳实践呈现给读者。实际上，本书就是用 R Markdown 进行写作的，在写作过程中我们遇到了很多问题，也新学习到了很多知识，这些都在各个章节有所体现，希望读者们能从中收益。

0.4 本书主要有哪些内容？

本书章节设置如下：

  • 第一部分：初识 R Markdown：本部分对 R Markdown 进行了简要介绍，本部分共包含两章：

    • 第 1 章：R Markdown 概述：本章简单介绍 R Markdown 的发展历程（第 1.1 节），并以案例的形式介绍 R Markdown 的可能应用（第 1.2 节）；

    • 第 2 章：R Markdown 的基础知识：本章从 R Markdown 的相关配置（第 2.1 节）、安装（第 ?? 节）、编译过程（第 2.4 节），到其基本元素（第 2.3 节）、页面设置布局（第 ?? 节）、文档元素（第 2.8 节）等方面，为 R Markdown 初学者提供其相关知识；

  • 第二部分：基于 R Markdown 的应用：本部分介绍了基于 R Markdown 的基础应用，在学习完本部分，读者应能够使用 R Markdown 完成简单的学习或工作任务。本部分共包含两章：

    • 第 3 章：使用 R Markdown 创建常用文档：本章介绍了如何使用 R Markdown 生成常用的 HTML（第 3.1 节）、PDF（第 3.2 节） 文档，甚至还包括如何生成 PPT（第 3.3 节）、Word（第 3.4 节） 以及新的文档输出格式（第 3.5 节）。在学完本章后，可以正常使用 R Markdown 开展日常的很多工作。

    • 第 4 章：基于 R Markdown 工作与学习：本章给出了一些在工作和学习场合使用 R Markdown 完成一些可能会很繁琐的工作，包括发邮件（第 4.1 节）、制作 R 包（第 4.2 节）、制作简历（第 4.3 节）、写书或记笔记（第 4.4 节）以及制作网页（第 4.5 节），本章针对科研工作者还介绍了如何使用 R Markdown 制作科技论文的支撑材料（第 4.6 节），从而帮助读者更全面地了解 R Markdown 的强大之处；

  • 第三部分：R Markdown 进阶操作：本部分为具有一定 R Markdown 使用经验的读者提供了更丰富的内容，从而帮助读者使用 R Markdown 大大增加日常学习工作的便捷性。本部分共包含三章：

    • 第 5 章：使用 R Markdown 创建动态交互文档：本章介绍了 R Markdown 如何与 Shiny、Dashboards 结合，生成 Web 交互界面（第 5.1 节）以及交互式仪表盘（第 5.2 节），甚至在 R 包中也可以加入 R Markdown（第 5.3 节）。本章为第四章提供了补充。

    • 第 6 章：R Markdown 的操作技巧：本章介绍了一些 R Markdown 的进阶操作技巧，可以在很大程度上优化使用者以及报告读者的体验，包括表格的一些特殊操作（第 6.1 节）、R Markdown 中的块选项（第 6.2 节）以及与其它语言的结合（第 6.3 节）。另外还有三节介绍了输出钩子（第 6.4 节）、缓存（第 6.5 节）以及其它的小技巧（第 6.6 节），供有一定使用经验的读者阅读。

    • 第 7 章：使用 R Markdown 开展项目工作：本章的内容为第四章提供了更多的补充，并主要集中在项目管理（第 7.2 节）以及工作流（第 7.1 节）方面，可以帮助使用者在工作中大大提升工作效率。

0.5 阅读本书时的注意事项

  1. 本书在编写过程中包含了很多例子，为了使读者能够清晰地理解，本书并没有给出这些例子的编译结果，而是以源代码形式更直白地展现给读者，希望读者自行编译，也可以加深对这些例子的理解。当然，在必要的地方我们也会以各种形式给出例子的编译结果；

  2. 本书在编写过程中的一些内容可能并不能被所有读者轻易理解，本书在这些章节后面添加了“(*)”。跳过这些章节也不影响整体阅读，如果想要更详细了解 R Markdown，或想提升使用 R Markdown 的能力，可以进一步阅读这些章节；

  3. R Markdown 功能强大，可以实现很多功能，本书对于大多数常用功能进行了详细的解释，而对于一些更复杂的、受众相对较小的功能，本书仅对其进行了简要介绍，并提供了相应书籍甚至章节的名称以供读者查阅。